学校原LOGO于2014年学校升专时设计并启用，由主体图形“木铎”、建校时间、中文篆书体校名及英文校名组合而成，整体造型呈正圆形印章风格。木铎与篆书源自绘画大师陈师曾为1916年出版的《南通师范学校校友会杂志第七期》亲笔手绘手书的封面，并由张謇先生撰文注释。
原LOGO从2014年启用至今，已具有一定的辨识度和社会影响性，因此新LOGO设计以不作大改动为前提，运用设计原则规整铎体造型，重新设计了木铎柄图文，赋予新的内涵，1902年号字体缩小并加粗，英文校名用黑色，圆形边框加粗。其他元素未作改动，保持原有整体设计风格。
原LOGO（2014年启用） 新LOGO
新LOGO木铎柄装饰纹以学校名称核心词“通师”的大写字母“T、S”为元素，变形处理的字母与中国传统回形纹融为一体，寓意“师道永恒、止于至善”；木铎柄中心的四个圆代表南通师范、女子师范、如皋师范、海门师范，四校合源，享誉百龄。
标志以深红为主色搭配黑色，古朴大方，视觉冲击力强，富有理性、渊博、和谐、包容，折射出学校的悠久历史、丰厚底蕴，更寓意新时代特色鲜明、蒸蒸日上的美好前景。